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招标公告牡丹江市疾病预防控制中心2023年国家致病菌识别网50株阳性菌株的分子分型（PFGE，MLVA，MLST），耐药检测，全基因组测序实验服务项目竞争性磋商

黑龙江牡丹江

2024-06-13

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基本信息

招标单位：

牡丹江市疾病预防控制中心

标书获取截止时间：

2023-09-13

投标截止时间：

2023-09-19

公告正文

项目概况

牡丹江市疾病预防控制中心2***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目采购项目的潜在供应商应在牡丹江市德信招投标代理有限公司一楼获取采购文件，并于2***23年***9月19日 14点******分（北京时间）前提交响应文件。

一、项目基本情况

项目编号：***

项目名称：牡丹江市疾病预防控制中心2***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

采购方式：竞争性磋商

预算金额：13.44*************** 万元（人民币）

最高限价（如有）：13.44*************** 万元（人民币）

采购需求：

牡丹江市疾病预防控制中心2 ***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

竞争性磋商招标 公告

牡丹江市德信招投标代理有限公司受采购人的委托，对牡丹江市疾病预防控制中心2***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目进行竞争性磋商招标，请合格供应商前来参加投标。

1、项目编号 ：***

2、项目名称： 牡丹江市疾病预防控制中心2***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验服务项目

3、采购项目类型： 服务类

4、采购预算： 1344******.******元

5 、采购 内容 及范围 ：国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验。

6、 服务期限： 签订合同后3***个工作日

7、 质量标准： 参考国家致病菌识别网的技术要求手册操作，符合国家及现行相关专业规范的合格标准。

8、付款方式： 提交实验结果并出具成果文件后3***日内一次性支付。

9、 执行地点： 牡丹江市疾病预防控制中心

1***、 评审方法： 综合评分法

11 、投标人资格条件：

11.1 拟参加本项目的潜在供应商必须符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条的规定；

11.2 潜在供应商具备有效的营业执照，并在人员、设备、资金等方面具有相应的服务能力；

11.3供应商参加政府采购活动近三年没有重大违法记录，已被列入企业经营异常名录、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单政府采购严重违法失信行为信息记录的供应商不得参与政府采购活动；供应商、供应商的法定代表人及其被授权委托人未被列入列入国家工商行政管理部门严重违法失信企业名单（以“信用中国”查询结果为准）。

11.4 本项目不接受联合体投标。

1 2 、参与方式和标书获取方式：

12.1 获取方式：2***23年***9月***7日—2***23年***9月13日，每日***8:3***时—11:3***时，13:3***时—16:3***时（北京时间），到牡丹江市德信招投标代理有限公司（江南开发区领秀城西侧门市一楼）获取招标文件。

12.2单位地址：牡丹江市德信招投标代理有限公司(黑龙江省牡丹江市江南开发区领秀城西侧门市一楼)。

12.3公告期限：5个工作日

13、 发布公告的媒介

本次招标公告在《中国政府采购网》http://www.ccgp.gov.cn/上发布。

1 4 、询问和质疑：

对本次招标中的采购需求、评审结果等实体性事项的询问和质疑由采购人负责；对本次招标的过程、工作纪律等程序性事项的询问和质疑由项目经办人负责。

1 5 、本次采购不组织标前答疑会。

1 6 、投标开始时间: 2***23年***9月19日13:3***时（北京时间），投标截止、开标、招标会开始时间:2***23年***9月19日14:******时（北京时间）。

注：投标代表须持本人身份证原件亲自递交投标文件，否则投标文件被拒收。

1 7 、开标地点：

牡丹江市德信招投标代理有限公司（黑龙江省牡丹江市江南开发区领秀城西侧门市二楼）会议室。

1 8 、投标有效期 ：9***日历天

1 9 、联系方式：

招标人：牡丹江市疾病预防控制中心

地址：牡丹江市江南穆棱河路28号

联系电话：***

联系人：刘先生

招标代理机构：牡丹江市德信招投标代理有限公司

地址：黑龙江省牡丹江市江南开发区领秀城西侧门市

联系人：曹先生

电话：***453-6279******9

2***23年***9月***7日

技术服务要求

一、 采购标的需实现的功能或者目标：

需要完成牡丹江市疾控中心2***23年国家致病菌识别网5***株阳性菌株的分子分型（PFGE、MLVA、MLST）、耐药检测、全基因组测序实验。

二、采购标的需执行的国家相关标准、行业标准、地方标准或者其他标准、规范：

参考国家致病菌识别网的技术要求手册操作

三、采购标的需满足的质量、安全、技术规格、物理特性等要求：

（一）项目清单

序号	服务名称	主要参数	数量	备注
1	病原菌分子分型	脉冲场凝胶电泳技术	1项
2	病原菌分子分型	MLVA分型	1项
3	病原菌分子分型	MLST	1项
4	病原菌药敏试验	药敏结果（格式Excel）	1项
5	病原菌全基因组测序	DNA提取	1项
6	病原菌全基因组测序	文库构建	1项
7	病原菌全基因组测序	基因组测序	1项
8	病原菌全基因组测序	基因组框架图	1项

（二）病原菌分子分型 、 耐药检测 和全基因组测序

序号	项目	参数项	配置要求	备注
1	总体要求	总体要求	按时完成规定数量的病原菌分子分型，病原菌全基因组测序，完成基因组框架图。
2	病原菌药敏试验	按致病菌识别网的要求	药敏试验结果表格
3	病原菌分子分型	脉冲场凝胶电泳技术	细菌分型
		MLVA分型	可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数、确定基因分型
		MLST分型	一种基于核酸序列测定的细菌分型方法
4	病原菌全基因组测序	DNA提取	满足OD26*/OD28在~*之间
		文库构建	DNA片段符合要求
		基因组测序	Reads 长度大于1******
		下机数据质量	Q3***比例≥85%，数据量≥1Gb
5	细菌框架图	组装结果	组装后的基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥1****X；Scaffold 个数小于 1**** 个，细菌框架图
6	售后服务	售后服务	实验记录，可根据项目需要，提供所有实验记录的电子版以供查验
6	售后服务	售后服务	数据交付后，应提供半年时间的免费数据存储

（三）项目实施说明

1、基本要求

（1）病原菌分子分型要求：

脉冲场凝胶电泳技术，脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）选用识别稀有酶切位点的限制性内切酶切割基因组DNA，获得的DNA片段在外加脉冲电场的低浓度琼脂糖凝胶中分离，产生数量有限的DNA条带。PFGE分型力好、分辨力高、可重复性好、已有成熟的标准化技术方案。

指纹图谱数据要求：图谱大小最佳3******kb左右， TIFF格式图片；图谱质量：泳道要值，条带要清晰；图片参数：灰度为8bit。

MLVA根据成像DNA的大小确定每一个可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数再用Bio Numerics进行聚类分析确定基因分型。

MLST是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。

（ 2 ） 药敏试验

按照致病菌识别网的要求进行药敏试验服务，交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

（ 3 ） 病原菌全基因组测序

1）病原菌全基因组测序的研究策略主要分为DNA 的提取、建库、测序。

核酸提取操作需符合试剂盒说明书的要求，提取后应进行质量测定，核酸质量质控要求如下：

a）OD26***/OD28***在***~***之间，OD26***/OD23***大于2。

b）1%琼脂糖凝胶电泳测定：取5-1***μl样品电泳（电压15***V，4***~5***min）。DNA样品应无杂带或拖尾。无蛋白质污染（污染显示为紫外灯下点样孔附近有亮带）。

DNA 的完整性可用具有核酸片段大小检测功能的设备进行测定，如果出现大部分片段在 2******bp 以下，说明 DNA 降解严重，需要重新采集和制备样本。

根据采用的测序系统的要求确定文库所需的片段化长度范围。根据不同建库试剂盒，可选用物理打断法或酶切打断法。

其中文库质量控制主要包含浓度的质控；浓度围殴采用核酸荧光检测仪检测文库的浓度，建库后浓度满足不同测序仪上机文库的最低浓度标准。上机前需根据不同测序系统对文库浓度的要求进行稀释。

测序方法采用边合成边测序的方法，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对模板DNA进行测序。

c）乙方为检测数据提供生物信息学分析，包含检测样品的基因组组装，实现细菌框架图。

原始测序数据指得是通过测序以后产生的数据，其中原始数据包含接头信息，低质量碱基，未测出的碱基（以N表示），这些信息会对后续的信息分析造成很大的干扰，通过精细的过滤方法将这些干扰信息去除掉，最终得到的数据即为有效数据，我们称之为clean data 或 clean reads，该文件的数据格式与Raw data完全一样，具体测序质量控制如下：

d)数据量：PE1****** 及以上测序，高质量测序数据≥1Gb。最终获得的单菌高质量测序数据需为所测细菌种属基因组长度的 1******X 或以上。

e)准确度：Q3***比例≥85%

f)去接头后连续为N的数据

基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装，生成基因组的序列基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。

基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapping assembly) 从头组装是指不需要依靠任何已知的基因组信息；映射比对组装就是需要把测序序列和参考基因组来比对，找到序列的对应位置再进行组装。

测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp，contig是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig；获得contig之后还需要构建paired-end或者mate-pair库，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺。

组装后的基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥1******X；Scaffold 个数小于 1****** 个，细菌框架图，拼接完成对应生成的结果文件为 .fasta格式。

2 、样品质控

（1）乙方负责对收到的样品进行质控，并将质控信息提供给采购人。

（2）病原菌分子分型，从接收到全部检测样本之日起15个工作日完成检测并交付疾控中心结果和图谱。

（3）病原菌药敏试验，从接收到全部检测合格样本之日起15个工作日完成检测，并交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

（4）病原菌的全基因组序列及框架图，从接收全部检测样本之日起3***个自然日内完成检测服务并交付疾控中心序列及框架图。

3 、数据接收与确认

（1）服务期内，乙方向甲方提交符合要求的检测结果，PFGE高清胶图、药敏试验结果并提供病菌的全基因组序列及框架图，以硬盘方式或甲方要求的方式送至到甲方指定联系人接收。

（2）甲方通过乙方提供的服务成果，上传至“国家致病菌识别网实验室检测信息系统”，如被驳回，乙方需免费重新进行检测并向甲方提供相关图谱等材料。

4 、质量保证

（1）乙方提供的测序服务，以技术参数中的要求为准，超出正常标准范围的，由乙方承担相关服务成本，不再收取其他费用。

（2）不符合技术参数要求的样品，乙方须对其提供免费的加测或重测服务，并保证达到技术参数要求。

（3）乙方实施的服务期限长于招标文件规定时（以中标人的投标文件为准），出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等等）提供服务。

5、 技术服务

（1）按照国家致病菌识别网相关要求，乙方委派专人上门取样，按照生物安全要求进行样品运输，专人与甲方进行对接，对于甲方提出的相关咨询，乙方工作人员及时予以回复。

（2）乙方在服务过程中，应妥善保管甲方送交的样品和样品信息，以免丢失、缺少、变质或污染。试验结束后，如检测样品仍有剩余，乙方按照要求进行返样。

（3）乙方在数据通过验收后，应保存原始数据一年，如甲方需要，乙方需重新交付原始数据。一年后无通知或一年内甲

方通知乙方，乙方应将甲方的所有备份信息予以销毁。

（4）质保期内出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等等）提供服务。服务期满后，中标人应及时优惠提供所需的相关服务。

（5）乙方对甲方的实验数据及相关信息应承担永久保密义务。

（6）如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担责任。

（7）乙方可根据甲方需要，提供所有实验记录的电子版以供查验。

合同履行期限：服务期限：签订合同后3***个工作日

本项目( 不接受 )联合体投标。

二、申请人的资格要求：

***满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定；

***落实政府采购政策需满足的资格要求：

***本项目的特定资格要求：***拟参加本项目的潜在供应商必须符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条的规定；***潜在供应商具备有效的营业执照，并在人员、设备、资金等方面具有相应的服务能力；***供应商参加政府采购活动近三年没有重大违法记录，已被列入企业经营异常名录、重大税收违法案件当事人名单、政府采购严重违法失信行为记录名单政府采购严重违法失信行为信息记录的供应商不得参与政府采购活动；供应商、供应商的法定代表人及其被授权委托人未被列入列入国家工商行政管理部门严重违法失信企业名单（以“信用中国”查询结果为准）。***本项目不接受联合体投标。

三、获取采购文件

时间：2***23年***9月***7日至 2***23年***9月***日，每天上午8:3***至11:3***，下午***:3***至16:3***。（北京时间，法定节假日除外）